邱會作在西北組發言說：“對待思想的態度，林副主席說‘是天才，思想是全面繼承、捍衛和發展了馬克思列寧主義’。這次他仍然堅持這個觀點。爲什麼在這次全會上他還講這個問題？一定有人反對這種說法。有人說‘同志天才地、創造性地、全面地繼承、捍衛和發展了馬克思列寧主義’是一種諷刺，這就把矛頭指向、林副主席。”
在華北組，陳伯達講完話後，其他一些代表紛紛發言，譴責否定是天才的人，都建議在新憲法中恢復設國家主席一章，贊成當國家主席。其中，時任中央辦公廳主任和中央警衛局局長的汪東興表態說：“中央辦公廳機關和八三四一部隊在討論修改憲法時，熱烈希望當國家主席，林副主席當國家副主席。建議在憲法中恢復‘國家主席’一章。這是中央辦公廳機關和八三四一部隊的願望，也是我個人的願望。”
據記述8月24日華北小組討論情況的《華北組第二號簡報》（會議中被打成“反革命簡報”，“**”後平反）記載：聽了陳伯達、汪東興的發言，“知道了我們黨內，竟有人妄圖否認我們偉大領袖是當代最偉大的天才，表示了最大、最強烈的憤慨”，對於這種人，“應該揪出來示衆，應該開除黨籍，應該鬥倒批臭，應該千刀萬剮……”對於應在憲法中恢復國家主席一章的建議，則是“大家熱烈鼓掌，衷心贊成這個建議”。
8月24日晚，人們開始議論紛紛，說有人反對。其中北京組的聶元梓到處串聯，說要把反對的人揪出來。
8月25日上午，繼續小組討論。經過一夜的沸沸揚揚，人們討論的重點全部轉到揪出反對的人這個問題上。華北組的陳毅說：“不論在什麼地方，就是有人在牆旮旯裡反對，我陳毅也要把他揪出來！”這時，已經形成人人表態擁護、揪出反對的反革命分子的態勢。
局勢演變至此，張春橋已經成了反對偉大領袖的反革命分子了。在當時的政治環境下，反對偉大領袖的反革命分子是要抓捕槍斃或判刑坐牢的。8月25日當天上午，感到大勢不妙的張春橋、姚文元由帶着跑到處去告狀。有人說告狀時張春橋抱着的腿痛哭，這或者是無稽之談，但此時的張春橋實際上已經命懸一線，已經十分恐慌，應該是必然的。
張春橋、姚文元、向告了什麼狀，現在無從查考。但顯而易見的是，聽信了他們的告狀，形勢急轉而下。
8月25日下午，主持召開政治局常委擴大會議，決定停止討論講話，收回《華北組第二號簡報》，責令陳伯達檢討。當日，在和許世友談話時說：“你們讓我多活幾年多好啊！還讓我當主席呀？”
從26日到30日，不斷分別找人談話。其中與談話勸其不要當國家主席。分辯道：我原來主張設國家主席的目的是讓主席當，並不是我想當。但衆人一看大勢不妙，紛紛採取自保措施。葉羣、李作鵬、吳法憲、邱會作紛紛收回自己的發言記錄稿。記錄稿已經裝訂成冊，他們或撕或剪，極力消除痕跡。汪東興也很緊張，周恩來吩咐他說：你爭取第一個檢查吧。8月27日，汪東興寫好了第一份書面檢查。看後指示將汪的檢討書發到會上。汪東興在華北組做了口頭檢查後，檢討書印發全會。
8月31日，突然將自己寫的《我的一點意見》印發給參加全會的政治局委員。在文中嚴厲批評陳伯達“採取突然襲擊，煽風點火，唯恐天下不亂，大有炸平廬山，停止地球轉動之勢”的同時，聲明“我跟陳伯達這位天才理論家之間，共事30多年，在一些重大問題上就從來沒有配合過”，指出“希望同志們同我們一道採取這種態度，團結起來，爭取更大的勝利，不要上號稱懂馬克思，而實際上根本不懂馬克思那樣一些人的當”。
的《我的一點意見》一下子把陳伯達拋到自己和全體中央委員的對立面。隨後，會議宣佈對陳伯達進行審查，並立即展開批判。與此同時，凡是響應陳伯達“突然襲擊”的自然要作檢討。葉羣、吳法憲、李作鵬、邱會作等一干人，順着“不要上號稱懂馬克思，而實際上根本不懂馬克思那樣一些人的當”的杆子爬，在檢討中，紛紛聲稱自己思想理論水平低，上了陳伯達這個所謂的“天才理論家”的當，把屎盆子全部扣在陳伯達頭上。
在當面批評陳伯達時說：“你這個人大概是看到我快死了，所以迫不及待要給你自己找一條出路和靠山，是不是？你歷來是腳踏兩隻船的，這次表現更加惡劣。你嫉賢妒能，把政治局大多數同志不放在眼裡。你表面上是反對張春橋，實際上是反對我。”在後來的南巡談話批時，也說過“表面上反對陳伯達，實際上是反對我”這種意思的話。
對於陳伯達來說，九屆二中全會是終結他政治生命的會議。
九、晚年生活和自省
九屆二中全會後，全黨掀起了“批陳整風”運動。1971年1月26日，中央先後公佈了《反黨分子陳伯達的罪行材料》，這些材料的歷史部分，認定陳伯達是國民黨特務、叛徒、託派。2月21日，中央發佈《關於擴大傳達反黨分子陳伯達問題的通知》，“批陳整風”運動向全國基層擴展。同年“九一三事件”之後，陳伯達的問題進一步升級，陳伯達被定性爲國民黨分子、託派、叛徒、特務、修正主義分子。原來陳伯達只被禁閉在家裡，“九一三事件”之後，陳伯達被押送到秦城監獄。不久，全國性的政治運動從“批陳整風”轉向爲“批林整風”。自此，陳伯達一直被關押到“**”結束。
1980年公審、兩個反革命集團案。陳伯達作爲反革命集團的主犯，經最高人民法院特別法庭公審，被判處有期徒刑18年，判決執行以前羈押的日期，以羈押一日折抵刑期一日。這樣，從陳伯達1970年被關押算起，實際上還有8年刑期。隨後，陳雲、彭真等中央領導人針對如何對待集團主犯黃永勝、吳法憲、李作鵬、邱會作的問題，強調他們過去有戰功，他們雖然犯了罪，但與“四人幫”不一樣，應當給他們以很好的生活待遇。中央採納了這個意見。對於陳伯達，中央也視爲應同黃永勝、吳法憲、李作鵬、邱會作一樣，定爲應給予較好生活待遇之列。不僅如此，判決之後的第二年，即1981年的8月，陳伯達就獲准保外就醫。
陳伯達保外就醫後，當時的中央領導人胡耀邦提出：陳伯達已經保外就醫，他學問好，研究能力強，應當發揮他的這個專長，安排他爲中央做一點研究工作。我們現在的改革和建設，遇到很多問題，需要研究，讓陳伯達搞一點研究，研究出來的成果，我們可以參考。從那以後，陳伯達幾乎足不出戶，關起門來，繼續進行讀書、研究、寫作工作，先後提交給中央的研究成果主要有：《試論一下日本的“生產率運動”》、《試說社會主義農業的若干問題》、《美日兩國壟斷資本的角逐和兩國的“精神危機”》、《關於日本壟斷資本主義的點滴》、《評美國人的兩本書—“大趨勢”和“第三次浪潮”》、《農業合作化的若干材料》、《“電子學革命”的公開戰秘密戰》、《“黑格爾反對絕對……”》等等。
1988年10月，84歲的陳伯達刑滿，一位公安部的副部長專門到醫院給正在住院治療前列腺肥大症的陳伯達舉行獲釋儀式。
晚年陳伯達仍然十分敬仰。他常說：確實英明、偉大，是個民族英雄，他在中國歷史上的貢獻是前無古人的。他還說：我是永遠感念的，就個人關係而言，是發現了我，把我調到身邊當第一號政治秘書長達30多年。在陳伯達看來，是提拔了他，使他從一個文人，成爲中國中央政治局的常委；在30多年中，給了他很大教育，是引導他研究中國現實政治問題，他才能寫出《評〈中國之命運〉》、《人民公敵蔣介石》、《中國四大家族》等著作；是的教導，才使他稍微懂得中國革命的某些道理；在的幫助下，他纔有了一些研究的條件和成果；是交給他很重的工作擔子，給他以主管全國意識形態的權力。陳伯達把自己當作的一個“小學生”，認爲是自己這個“小學生”後來犯了大罪，不成器，怪自己沒有走好路，不能怪先生。他對和周恩來在自我爆炸後能保護他，使他得以保全生命，免遭“四人幫”的毒手，更是十分感激。他說：沒有和周恩來的保護，我可能早就沒有性命了。
陳伯達還經常真誠地說：我是犯了大罪的人，我對自己的過去是自責的。他對黨和政府在他的晚年能給他較好的生活條件由衷感謝。陳伯達晚年曾寫過一幅字，“往者不可諫，來者猶可追”，充分體現了陳伯達在20世紀80年代的心境。
1982年5月，陳伯達寫了《求知難》一文，投到《讀書》雜誌上。陳伯達發表此文用的筆名是“紀訓”，意思是記取教訓。《讀書》雜誌全文發表了《求知難》。陳伯達的這篇文章，是他總結自己一生教訓之作。他在這篇文章中，把人比喻爲一個求知者，而求知是很難的。從他對求知者必經的諸多苦難的認識來看，他對自己的罪行還是認真反省的，而且，他雖然已是暮年，卻努力改過自新，把自己當作一個求知者。
1989年9月，陳伯達在北京病故，遺體被送到八寶山火化。有40多位他的親屬、老朋友、老部下、學生，前來爲他送葬。