某天放學，蔡小豆回家發現自己家來了一個人，叫藍多多，是比特星人，要找到落在地球上的源水晶，爲了騙過小豆父母讓藍多多暫留在小豆家裡，就說藍多多是小豆遠房小姨的兒子，因爸媽到外國工作，要借住在自己家一段時間，蔡小豆平白無故多了個表哥。
藍多多告訴小豆，自己所在星球被暗黑星球的人污染了環境，他被派到地球來尋找金、木、水、火、土來拯救自己的星球，他的探測儀發現目標就在蔡小豆家附近，所以暫時在蔡小豆家潛伏下來，伺機尋找。藍多多將飛船藏到了蔡小豆的牀下，蔡小豆、古拉、古麗、包子幫藍多多找來了金、木、水、火、土五種元素，卻發現無法發揮作用，他們意識到藍多多的任務沒那麼簡單。
藍多多在飛船上探測到的物品叫源水晶，被藏在黑心博士的實驗室中，黑心博士因早年做實驗被核輻射污染，身患重病，不得已跟黑星球的人做了一筆交易，黑星人給了黑心博士源水晶，被隱藏在一個阻隔所有探測信號的盒子中，黑心博士按時要用源水晶製作藥水給自己治病，代價是要作爲黑星球的傀儡，不停地破壞地球。
蔡小豆在學校遇到困難，回家向藍多多訴苦，卻發現藍多多擁有超能力，可以幫他解決問題，蔡小豆藉助藍多多的超能力工具解決了問題，卻引來了更多麻煩。古麗、古拉、包子、關小穎四個小夥伴很快得知了藍多多的外星人身份，卻商定好爲藍多多保密。
藍多多通過探測儀搜索，將自己要尋找的神秘元素的範圍不斷縮小，發現就在學校裡，幾個小夥伴開始幫藍多多一起尋找，藍多多也藉助記憶消除棒的幫助，跟大家一起到學校上學，伺機尋找，同時也認識了剛猛的費老師，彎彎繞的胡老師與和藹可親的高校長。
黑心博士破壞地球的計劃受到阻撓，經過調查發現是藍多多的作用，黑心博士想要消滅藍多多，兩人互相鬥法，卻總是不分伯仲，黑心博士爲了讓自己計劃順利實施，開始想辦法抓藍多多，但是卻總是失敗。
在藍多多終於找齊了五種元素之後，小朋友們也都知道了包子的爸爸就是黑心博士，同時，也知道了包子的媽媽就是黑星將軍，藍多多成功喚醒了源水晶的能量，打敗了黑星人，並治好了包子和他爸爸的病。
多多打敗黑星人，該回比特星了。總是有萬般不捨，他還是踏入了飛船。這時，智慧女神出現了，她讓多多看看夥伴們給他的U盤。原來，裡面都是大家對多多的美好祝福。多多看完後，終於明白大家多麼捨不得他，大家對他的感情有多深。可如果他選擇留在地球，法力將會消失，星際精靈的稱號也會被剝奪，並且作業不好會被老師批評，被家長批評……在法力和友情之間，多多選擇了友情，留在了地球，當一個普普通通的地球孩子。今天，蔡小豆又被包子欺負了，找藍多多訴苦。“多多，好多多，你就幫幫我吧，我老被包子欺負，你就讓他也嚐嚐被欺負的滋味，求求你了。”“可，可是我也沒辦法，你找布萊克吧，他應該有辦法。”藍多多被蔡小豆纏得不耐煩了，說。“布萊克，你幫我想想辦法吧。。。。。。”蔡小豆求一旁的布萊克。“隱身水晶。”布萊克不愧是千年冰山，只有四個字啊。“隱身水晶，那是什麼？”藍多多問。“蓋亞送雷伊的。”布萊克說，“必須得經過雷伊的同意。”正巧，雷伊從古麗家回來了。“你們在幹什麼？”雷伊問。“雷伊，小豆今天又被包子欺負了，他想找你借隱身水晶。”藍多多說。“你們，怎麼知道隱身水晶的事？”雷伊問。“布萊克告訴我們的啊。”藍多多簡直是典型的乖孩子，問什麼答什麼。雷伊心想：布萊克你這個背叛隊長的，看我不找機會好好教訓你！“好吧，我借。”雷伊像是下定了決心，說。“謝謝謝謝謝。”蔡小豆連說了好幾個謝謝，好想要飛上天了。第二天，蔡小豆好幾次藉助隱身水晶好好整了包子一頓，雷伊知道了，對蔡小豆說：“小豆，快把水晶還我！”“我還沒玩過癮呢！”蔡小豆不打算把水晶還給雷伊，還用它整包子。卻不想，被包子懷疑了。“兒子，你怎麼愁眉苦臉的?”包老師問包子。“我感覺今天老有人整我。”包子說。“這樣吧，你拿着這包粉，對着整你的人撒，他就會顯現出來，這樣你就知道他是誰了。”包老師說。“真的？”包子半信半疑地問。“當然是真的，爸爸怎麼會騙你？”包老師肯定地說。包子拿着這包粉，把它灑在蔡小豆的頭上，硬生生的讓他出了醜。“這個水晶根本沒用！我被費老師發現，還被罰站！”蔡小豆生氣地說。“沒用？不可能啊，藍多多，你查查。”雷伊把隱身水晶交給藍多多檢查，藍多多發現上面有黑心博士作的干擾病毒。