某天放學，蔡小豆回家發現自己家來了一個人，叫藍多多，是比特星人，要找到落在地球上的源水晶，爲了騙過小豆父母讓藍多多暫留在小豆家裡，就說藍多多是小豆遠房小姨的兒子，因爸媽到外國工作，要借住在自己家一段時間，蔡小豆平白無故多了個表哥。
藍多多告訴小豆，自己所在星球被暗黑星球的人污染了環境，他被派到地球來尋找金、木、水、火、土來拯救自己的星球，他的探測儀發現目標就在蔡小豆家附近，所以暫時在蔡小豆家潛伏下來，伺機尋找。藍多多將飛船藏到了蔡小豆的牀下，蔡小豆、古拉、古麗、包子幫藍多多找來了金、木、水、火、土五種元素，卻發現無法發揮作用，他們意識到藍多多的任務沒那麼簡單。
藍多多在飛船上探測到的物品叫源水晶，被藏在黑心博士的實驗室中，黑心博士因早年做實驗被核輻射污染，身患重病，不得已跟黑星球的人做了一筆交易，黑星人給了黑心博士源水晶，被隱藏在一個阻隔所有探測信號的盒子中，黑心博士按時要用源水晶製作藥水給自己治病，代價是要作爲黑星球的傀儡，不停地破壞地球。
蔡小豆在學校遇到困難，回家向藍多多訴苦，卻發現藍多多擁有超能力，可以幫他解決問題，蔡小豆藉助藍多多的超能力工具解決了問題，卻引來了更多麻煩。古麗、古拉、包子、關小穎四個小夥伴很快得知了藍多多的外星人身份，卻商定好爲藍多多保密。
藍多多通過探測儀搜索，將自己要尋找的神秘元素的範圍不斷縮小，發現就在學校裡，幾個小夥伴開始幫藍多多一起尋找，藍多多也藉助記憶消除棒的幫助，跟大家一起到學校上學，伺機尋找，同時也認識了剛猛的費老師，彎彎繞的胡老師與和藹可親的高校長。
黑心博士破壞地球的計劃受到阻撓，經過調查發現是藍多多的作用，黑心博士想要消滅藍多多，兩人互相鬥法，卻總是不分伯仲，黑心博士爲了讓自己計劃順利實施，開始想辦法抓藍多多，但是卻總是失敗。
在藍多多終於找齊了五種元素之後，小朋友們也都知道了包子的爸爸就是黑心博士，同時，也知道了包子的媽媽就是黑星將軍，藍多多成功喚醒了源水晶的能量，打敗了黑星人，並治好了包子和他爸爸的病。
多多打敗黑星人，該回比特星了。總是有萬般不捨，他還是踏入了飛船。這時，智慧女神出現了，她讓多多看看夥伴們給他的U盤。原來，裡面都是大家對多多的美好祝福。多多看完後，終於明白大家多麼捨不得他，大家對他的感情有多深。可如果他選擇留在地球，法力將會消失，星際精靈的稱號也會被剝奪，並且作業不好會被老師批評，被家長批評……在法力和友情之間，多多選擇了友情，留在了地球，當一個普普通通的地球孩子。“被人欺負你就忍氣吞聲，你還是不是我爸爸？”包子看到爸爸答應費老師的樣子就很生氣，跑掉了，包老師連追也追不上。“什麼，你不要你爸爸了？”藍多多吃驚地問。“藍多多，你就幫幫我吧，他現在不僅被我媽欺負，還被其他人欺負！”包子哀求道。“可我現在也沒辦法幫你啊！”藍多多說道，“你也知道，現在我已經沒有法力了。”“那怎麼辦？總不能一直讓我爸這樣吧。”包子說。“我有一個辦法。”布萊克不愧是軍師，一下子想出了辦法。“什麼辦法？”包子、藍多多異口同聲地問。“雷伊。”布萊克說。“雷伊就是辦法？別逗了。”蔡小豆在一旁不屑的說。“你理解錯了吧？”最瞭解布萊克的卡修斯說，“他應該是想讓雷伊用自信水晶。”“可那是蓋亞送我的。”雷伊拿着自信水晶，說。“是包子爸爸重要還是你的水晶重要？”蔡小豆質問道。雷伊只好把水晶給藍多多。藍多多把自信水晶改造成了自信增長器。但由於爸爸內心的禮讓、謙虛，有時即使用了自信增長器還不夠勇猛。包子因犯愁而突然生病，這勾起了包子爸爸關於自己使命的一段痛苦的回憶。“博士，你是不是活的不耐煩了，竟然不幹活？”電腦機上，逃出封印的鏡靈不耐煩的問，“別忘了，你的病。。。。。。”“大人，我一定會幹活的！求你了！”包子爸爸哀求道。他，又重新的做了黑心博士。