趙新先是那種頗有戰略直覺的企業家。在產業的每一個轉型點，他都能很早地意識到，並迅速地做出反應，但他在項目的執行上則總是顯得“大而不當”。在一次又一次的佈局和衝殺中，三九的企業規模越來越大，但是能夠給企業帶來直接效益的項目卻始終未現。在第三次擴張中，他的表現像一個巔峰已過、力不從心的老棋士，開局宏偉，中盤紊亂，尾局不堪入目。《新財經》在一篇評論中分析說：“三九的專業化戰略讓人疑惑，製藥業屬於生產領域，連鎖藥店業務屬於流通領域，醫療健康更側重於服務領域，三項業務均和‘醫藥’有關，但實質則截然不同，投資風險更大。”在某種意義上，三九的此次專業化迴歸是一次缺乏深思熟慮、更具冒險性的賭博。
2003年，四處狂奔而無所收穫的趙新先和他的三九衝到了懸崖的邊緣。
5月，曼哈頓時代廣場上的那塊“999三九藥業”廣告牌被悄然拆除了。趙新先堅守了8年的夢想隨風飄逝。爲了這塊廣告牌，三九每月大約需支付12萬美元，8年下來總金額超過1000萬美元，其的資金現狀已經養不起這道昂貴的風景線了。
9月28日，《21世紀經濟報道》刊登《98億貸款：銀行逼債三九集團》一文，披露三九共欠銀行貸款餘額98億元，已經陷入鉅額財務危機。此文一出，頓時把三九的資金窘境曝光天下。接下來的1個多月裡，“討債大軍”紛至沓來。三九總部一片混亂。一些性急的銀行開始封存三九資產，凍結質押股權，並向法院提起了訴訟。三九在全國各地的數百家公司都成了銀行逼債的對象。做得最絕的是浙江湖州的中國工商銀行，索性凍結了三九湖州藥廠的銀行賬戶，將所有進入的流動資金全數扣押，造成藥廠資金鍊斷裂，生產經營陷入停頓，只好宣佈破產。對於所有企業來說，銀行信用的破產幾乎是無可救藥的。三九到了自創辦以來最驚險的時刻。
在這樣的時候，試圖自救的趙新先突然把矛頭對準了國有資產的擁有者。他認爲：“三九負債率偏高的根源在於三九集團是一個怪胎。作爲國有企業，其國有出資人是存在的，但卻沒有實際出資，沒有履行出資義務。對於三九集團而言，國家不僅沒有出一分錢，而且也從未享受過債轉股、貼息貸款等優惠政策。”很顯然，已經超過了退休年齡的60歲他不想再坐等下去了。他想利用此次財務危機，徹底，至少部分地解決三九的產權問題。在三九的產權問題上，他表現得非常搖擺，一直覺得三九是他一手締造出來的，甚至在一次中高層幹部會議上對部屬說：“沒有我趙新先，就沒有三九。”這句話在某種意義上是不錯的。
在趙新先治理三九的相當長時間裡，三九幾乎沒有受到過太大的約束和干涉。他所受到的待遇也是極高的，除了全國勞模、全國政協委員等政治榮譽外，還擁有軍中文職二級官銜，享受中將待遇，這在中國企業家中絕無僅有。不過，儘管他締造了三九，但三九卻始終不是他的。
但是，趙新先在很長一段時間裡，沒有思考這個問題。1998年，國有企業改革進入攻堅階段，產權明晰化試驗一度受到默許，不少企業都開始嘗試經營層MBO，南方的TCL、美的等企業先行一步而完成了產權改造。對此，他表現得很無所謂，對記者說：“三九是我做大的，MBO多此一舉。”到後來，他開始意識到產權的重要性，但也僅僅輕描淡寫地說了一句：“這個問題我考慮沒有用，這要我的‘婆婆’去考慮才行啊。”1998年底，中央下達軍商脫鉤的命令，三九與解放軍總後勤部脫鉤，歸口中央大型企業工委管理。2003年，國務院成立國有資產監督管理委員會，三九作爲中國直屬187家企業之一，轉屬其管理。隨着“婆婆”的變更，他在產權改造上的主動性漸漸變得越來越小。
當2003年秋天的財務危機總爆發的時候，趙新先突然覺得這是一個可以利用的機會。他算了一筆賬：“三九發展到今天，上繳給國家的利稅是40多個億，上繳給銀行的利息是30多個億，上繳給上級將近10個億。這個數字跟三九在銀行的貸款數字相近，都在80億元左右。”由此，他提出了兩個要求：“一是實現出資到位的問題，解決50億元淨資產的最終歸屬；二是完成股份制改造，建立規範的法人治理結構，最終完成激勵機制和監督機制的完善。”在一次媒體訪談中，當有記者提問“三九如何走出困境，繼續去完成整合中國中藥產業的使命”時，他直截了當地回答：“不把我的產權問題解決，三九沒有辦法去整合這個產業。只有三九把產權問題解決了，纔有整合的力量、整合的動機。”