當時的中國已經沉浸在商業的狂歡中，醫藥行業大小企業林立，僅廣東省就有200多家制藥廠。年過不惑的趙新先要在這片“紅海”中打出一番新天地並非易事，擁有的全部家當是醫院撥下的500萬元創辦費。他決意建一條國內最好的生產線，構思了一套中藥自動化生產線，把中藥生產中的提取、濃縮、乾燥三道工序合而爲一，從投料到出產，實現全部流程自動化、管道化、密閉化，每天生產的藥品可供20萬人一日兩次的用藥量，而全車間只需要9名工人，每班只要3人。在上級撥給的500萬元經費中，原本只有50萬元是設備添置費。冒着違反財務紀律的危險，趙新先擅自把蓋職工用房的錢全部拿去添置新設備。憑着自主創新和果敢大膽，他成功地建成了中國第一條中藥自動化生產線。
趙新先手中還有一個寶貝，那就是治療胃病的中藥配方。這個配方是幾年前他在粵北鄉間從老鄉那裡得來的，原料是南方特有的三椏苦和九里香，對治療胃病有奇效。他和南方醫院消化科教授們日夜攻關，將之開發成一個純中藥複方沖劑。爲了給這個胃藥起名字，他兩天抽掉了5包煙，最後定名爲“三九胃泰”。
慢性胃炎是中國人最常見的慢性病。胃藥市場非常之大，同時也魚龍混雜。在商界和公衆心目中，軍隊和軍方醫院的信譽一向很好。趙新先不像別的廠家那樣扛着產品四處推銷，而是穿上整潔威嚴的軍服，到各大中心城市去開“學術報告會”，把各地的衛生局、藥材公司、各大醫院和新聞媒體邀集在一起，大講“三九胃泰”的病理和藥理，佔了信用和權威上的先機。他一個月跑了10個城市，開了10場學術報告會，所到之處必颳起一陣“三九旋風”。等他回到深圳，訂單已如雪片般追蹤而來。辦廠第一年，南方藥廠就實現了1100萬元的銷售收入。
在廣告營銷上，趙新先有兩個發明。他是出租車頂箱廣告的中國發明者。1988年，他在一部美國電影中偶爾瞥見一輛車頂揹着個廣告燈箱的出租車一閃而過。第二天，他就跟廣州市的出租車公司洽談，在400多輛出租車上安裝“胃藥之王，三九胃泰”的頂箱廣告，傳播效果出奇的好。他還是明星代言廣告的首倡者。也是在這一年，他說服著名的老電影藝術家李默然爲產品做廣告：“幹我們這一行的，生活沒有規律，常患胃病……‘三九胃泰’是治胃病的良藥。製造假胃藥品，是不道德的行爲，應該受到社會的譴責。”
這則半功能、半公益的明星廣告在中央電視臺一播出，頓時就引起轟動。人們開始討論，明星到底能不能做廣告，李默然到底收了企業多少錢。這些爭議讓始料未及的李默然困擾不已，卻把“三九胃泰”的名氣越炒越大。
到1988年底，南方藥廠的產值達到了18億元，實現利稅４億元，居全國500家最大工業企業第82位，成爲當時國內知名度最高、盈利最好的中藥企業。藉着這個好勢頭，1989年前後，趙新先一口氣推出壯骨關節丸、正天丸、皮炎平等系列中藥產品。它們的銷售額都在1年內就分別超過了1億元。南方藥廠在中藥開發和市場運作上的能力，在國內已無人可及。從某種意義上來講，在整個20世紀80年代，它是最成功的市場化企業之一。
南方藥廠的快速崛起，使趙新先成爲中國企業界一顆耀眼的新星。1989年4月，解放軍總後勤部爲南方藥廠記集體二等功，授予他“優秀軍隊企業家”稱號，頒發二級英雄模範獎章一枚，還向全軍作出了《關於向趙新先同志學習的決定》。9月，他被國務院授予“全國勞動模範”的稱號。
如果說趙新先的經營才略讓人驚歎的話，那麼，他以強人姿態形成的“三九機制”則在當年更具轟動性。在南方藥廠奇蹟般的崛起中，他的才幹無疑是最具決定性的。漸漸的，他在企業內部形成了不可替代的絕對權威。1991年10月，解放軍總後勤部出資1億元從廣州第一軍醫大學手中買下南方藥廠，第二年將其更名爲三九集團。解放軍總後勤部對三九的管理實行的是最爲寬鬆的法人代表個人負責制。其做法是，解放軍總後勤部給他充分放權，在組建企業集團的文件中明文確定只管他一人，由他對企業全部資產的增值和安全負有全權和責任。在三九內，他是總經理兼黨委書記，下面不設副總經理。集團總部只設黨務部、財務部和人事部3個機構，甚至連總裁辦公室都沒有。他之下設5個秘書，分別處理相關具體事務。他將這種管理設置，得意地稱之爲“一人機制”。
三九的管理模式，在當時國內的所有國有企業中絕無僅有，甚至是不可想象的，帶來的結果是真正的政企分開，從而解決了國有企業10多年來始終難解的老大難問題。趙新先憑藉“一人機制”合理合法地掙脫在繩索之外，使企業的成長始終牢牢地控制在自己手中。在相當長的時間裡，三九一方面享受着國有企業的種種制度優勢，另一方面又靠“三九機制”保持着自由成長的空間。
關於“一人機制”最戲劇性的一幕出現在1992年9月。時任國務院副總理的朱鎔基到三九視察，十分滿意，臨走時提出要跟藥廠的領導合影留念，對趙新先說：“老趙，把你的那些副廠長叫來一起照。”他說：“副總理，我這兒沒有副廠長，領導就我一個人。我是廠長、書記、總工程師一身兼。”這個細節被記者寫進了報道中。他的“一人機制”頓時在國內傳爲美談。1993年，中央電視臺編輯播出了一套介紹國有企業改革經驗的電視專題片，第一篇是“海爾經驗”，第二篇就是“三九機制”。1994年8月，《人民日報》在頭版頭條的重要位置，連續發表了關於三九速度、三九機制和三九精神的長篇通訊，全面地肯定了他的改革成果。