5月16日，國資委黨委書記李毅中親赴深圳，突然宣佈免去趙新先三九企業集團總經理、黨委書記職務。其公開的理由是，國資委管轄的幹部60歲必須退休，而他已經63歲了，離職退休是正常的。李毅中同時給予了他很高的評價，稱他“40年如一日，爲我國的醫藥事業，爲三九企業集團的發展做出了突出貢獻”。他的經歷再次證明，企業家是一個多麼殘酷的職業。
1995年，如日中天的趙新先作爲特聘兼職教授，受邀參加清華大學經濟管理學院的元旦座談會。時任國務院副總理兼經濟管理學院院長的朱鎔基對他說：“你放心，即使南方藥廠垮了，我還要請你當教授。爲什麼？因爲你可以從這裡總結經驗，企業是怎麼垮的。當然我不希望垮。”此言悠悠，竟藏無窮憂慮。
2004年10月，一直深受趙新先重用的三九集團副總裁、年僅43歲的陳重因病猝亡。在清理他的辦公室時，發現數額巨大的不明存款。隨後，審計署介入對三九的審計事宜。三九副總裁榮龍章、三九廣州醫院院長崔崇林、三九生化總經理張欣戎、三九汽車公司經理陳達成、三九工程公司總經理林長興等相繼被雙規或通緝。種種跡象表明，這些三九重臣們的問題都與他有着千絲萬縷的牽連。
根據後來的信息披露，趙新先涉嫌“轉移資產”。香港特別行政區公司註冊處提供的資料顯示，三九在香港註冊了50多家公司，其類別均爲“私人公司”。他出任多家公司的董事長。在三九健康城等項目中，有數億元資金不知去向。香港科技大學郎鹹平教授在研究了三九的財務狀況後，總結了他的“撈錢六招鮮”——截、借、墊、套、挪、賴。
除了資金上的違法行爲外，《財經》雜誌則另外給出了一種觀察的結果。趙新先被突然宣佈退休後，其繼任者一直難以開展工作。一方面，三九的各項業務均出現崩塌跡象，用一地雞毛來形容一點兒都不爲過。號稱投資數十億元的健康城因土地審批問題胎死腹中，連鎖藥店項目難以爲繼，最後不得不以區區400萬元的低廉價格轉讓。2005年5月，三九將其所持有的三九發展和三九生化的國有法人股，分別以3500萬元和2.05億元的價格出售給浙江、山西的兩家民營企業，從這兩家上市公司中徹底退出，所謂的“三九系”宣告瓦解。到秋季，有媒體報道，龐大的三九共有500多家企業，從總公司到分支公司共分五級管理，到第三級公司大多已出現鳥獸散的失控局面。另一方面，面對如此複雜、艱鉅的重組工作，他的一些舊部仍佔住“小山頭”不放，相信他能再度復出。在此情形下，有關部門果斷出手將他“拿下”。
無論如何，原本以爲安全着陸的趙新先在退休兩年多後再度成爲焦點人物。