於是，經過一番考慮，在1994年，潘寧決定另闢蹊徑，將企業變身爲科龍集團，宣佈新創科龍品牌，進軍空調行業。在他的謀劃中，科龍品牌歸企業所有，由此可逐漸擺脫政府的控制。但是，他的這種“獨立傾向”立即引起了鎮政府的注意。也就是從這時起，潘寧和企業的命運變得十分微妙起來。
1996年，科龍電器在香港聯合交易所上市，融資12億元，成爲全國第一家在香港上市的鄉鎮企業。潘寧雄心萬丈地四處攻城略地，先後在遼寧營口和四川成都建立了兩個生產基地，這樣可以大大降低物流運輸的成本。一個尤爲重要的決策是，他宣佈將投資10億元人民幣在日本神戶建立科龍的技術中心。當時的現狀是，中國的電冰箱企業靠“價格割喉戰”迅速擊敗了早先在中國市場上靠品牌優勢而獲得先機的跨國企業。但是潘寧知道，要穩固本土企業的市場戰果，還必須擁有核心的技術開發能力。當時所有的國產家電企業，其實都還是一些裝配工廠，其核心部件仍然需要從國外引進。全球電冰箱的核心技術都被日本東芝、三洋及松下等公司所掌控，所以將技術開發的前沿延伸到日本本土去，是一項成本很高卻將有奇效的戰略。在一次高層會議上，潘寧很激動地說：“如果不能在有生之年裝出一臺百分之百的中國電冰箱，我們這代電冰箱人愧對後人。”可惜的是，潘寧的這種“決戰思維”在他退出後竟成絕響，以至於到10年後，中國電冰箱產業的核心技術空心化局面仍然沒有得到根本改善。
1997年，科龍實現營業收入34億元，利潤6.6億元，獲香港《亞洲貨幣》雜誌評選的“中國最佳管理公司”和“中國最佳投資者關係”殊榮，儼然是中國製冷業乃至家電業的希望之星。然而，也是從這時開始，地方政府對科龍的掌控變得直接起來。這家品牌顯赫、效益絕佳的企業成了政府官員調控地方資源的一個最佳工具。1998年中期，爲了延伸產業鏈，潘寧謀劃在科龍空調項目上增大投資。當項目報到鎮政府的時候，他卻等到了一個十分意外的決定——政府希望科龍收購同鎮的華寶空調。
華寶空調廠是國內第一家生產分體式空調的企業，在廣東空調行業中第一個取得了ISO9001質量體系認證。1993年，華寶空調銷售額達18億元，產銷量名列全國第一。11月底，在經營層毫不知曉的情況下，華寶的國有資產控股方順德市投資控股總公司突然決定將60％的產權出售給香港翁氏家族控制的蜆殼公司。當時華寶的總資產達18億元，而蜆殼公司的資產不足5億港元，只用了1000萬元的價格就獲得了控制權。由於交易過於“秘密”，引起經營層的強烈反對。創辦華寶的董事長當即辭職，其他高管也持強烈的牴觸態度。企業經營陷入一片混亂局面。1994年11月，蜆殼公司以“空調市場不景氣，宏觀調控使銷售款回收週期加長，空調生產競爭對手增多”爲由主動放棄了股權。港方提出，他們已經在華寶連本帶利投入資金14.2億元，願意承擔1億元的損失，而其他的款項則要順德和華寶方面全數歸還。順德方面不但要付出10多億元的賠償金，還弄得華寶元氣大傷，造成其市場份額被後起的珠海格力空調等搶去大半。因此，當潘寧提出新上空調項目的時候，便有人提出將華寶空調劃歸科龍，以此打造出一個“空調航母”。
在潘寧看來，與其改造一個結構落後的“老房子”，還不如在一片空地上蓋一個“新房子”。而政府方面則當然希望他能夠挑起這副“重擔”。爲此，市長承諾，併購後可以“撥給”科龍一個上市指標，允許它在深圳證券交易所上市。就這樣，1998年10月，科龍和華寶宣佈聯合，成爲當時國內家電行業規模最大的一次企業聯合。
科龍、華寶合併看上去做成了一艘“大船”，但是實際上這兩家企業從來就沒有真正融爲一體。僅從品牌經營而言，科龍決沒有能力同時做好兩個不同品性的空調品牌。因此，華寶之被棄是預料中的事情。而一個讓人更感擔憂的事情是，隨着科龍規模的擴大，政府的控制變得越來越直接。