在常磐市訓練了十幾天之後的真嗣，總算見到小智和小茂來到常磐道館，之後如劇情般的上演了，小茂被超夢虐得毫無還手之力，隨後超夢暴走了，小智也如願的得到了綠色徽章，然後就踏上了會真新鎮之路了······
幾天後——
“吼”
一隻帶着攝像頭的大嘴雀在真嗣的頭上盤旋着，隨後一隻快龍用彪悍的降落方式停在了真嗣不遠處的時候，真嗣就知道超夢發邀請函的時間到了，而這也代表着很快就會見到實力變強了不少的超夢了，而且真嗣記得因爲超夢是用各種小精靈的基因製造出來的，所以壓根就不會存在種族屬性上限的問題，所以只要超夢把體內的潛力開發完之後，完全可以單挑阿爾宙斯，不過因爲超夢需要時間來開發自己的潛力，所以在超夢的逆襲當中所發揮出來的實力也不過是冰山一角罷了。
“哼，超夢，你果然還是看中我了。”真嗣看着手裡的邀請函冷笑道。
隨後真嗣就和大哥調換了下神奇寶貝，除了之前和超夢對戰過的大嘴雀，土臺龜和風速狗外，剩下顯得三隻就是三神鳥了，就連雷嗣聽到真嗣要同時使用三神鳥之後，都不禁嚇了一跳，要擁有什麼樣實力的對手才能讓真嗣使用三神鳥來對付啊，不過看着真嗣不想說的樣子，雷嗣也就沒多問。
······
一場史無前例的暴風雨正席捲着大海上的某一座被雲霧籠罩着的神秘海島，而在關東地區的某一座碼頭城市也被這場暴風雨襲擊者，而這座城市是所有拿到邀請函的訓練家必經之地，此時拿到邀請函的真嗣也來到這座城市的神奇寶貝中心，但暴風雨一直持續着，這強大的暴風雨之中似乎透着一股不尋常的力量。
因爲這場暴風雨而使得神奇寶貝中心裡的人變得越來越多了，人一多，難免就會嘈雜起來，真嗣見此只是靜靜的一個人呆着一邊，頭過玻璃觀看外面的雨勢。
“剛剛天氣明明很好的。”小霞抱着波克比和一起衝進來的小智，小剛抱怨道。
“海邊的天氣是很多變的。”小剛解釋道。
“嗯？真嗣？”小智整了整衣服，看着遠處的真嗣說道，然後就跑到真嗣面前對真嗣問道：“真嗣，你怎麼在這？難道你也是收到邀請函了嗎？”
“以我的實力會在這並不奇怪，倒是你。”真嗣嘲笑道：“想不到你也會收到邀請函。”
“你說這話時很麼意思。”小智憤怒的喊道：“我已經變強了，你要是不信的話，就和我來場對戰。”
“哼！”
真嗣冷哼一聲就沒有在理小智了，但此時神奇寶貝中心裡的聲音越來越大，因爲暴風雨的原因，這座城市的所有船隻都停止出航了，大家也都無法去新島，會一會那個最強的訓練家了。
“大家請安靜。”君沙小姐安撫着大家說道：“這位是港口的負責人。”
“我是波依佳，······”波依佳嚴肅的說道。
······
之後波依佳和君莎小姐的話不但沒有讓大家安靜下來，反而更加激發大家要出發去新島的強烈慾望，這或許就是神奇寶貝訓練家想要變強的心吧。
“不要緊的，我的神奇寶貝的話，我的神奇寶貝水性很好，一定可以穿越這片海洋的。”以爲較胖的訓練家說道。
“請等一下。”波依佳急忙說道：“連最瞭解海洋的我都說不行了。”
“沒錯，而且如果現在小精靈受傷的話，也無法再神奇寶貝中心接受治療。”君莎小姐說道。
“這是怎麼回事？”小智擠進人羣問道。
······
之後大家看了看牆壁上貼的尋人啓事，這才知道喬伊小姐失蹤了。
“比雕~”
隨後一名訓練家不聽君莎小姐的勸告，直接放出自己的神奇寶貝比雕，坐上比雕之後就朝着新島的方向飛去了，然後開始又有一名訓練家放出暴鯉龍，坐上暴鯉龍後也朝着新島的方向游去，隨後的一名女生也放出白海獅追去了，真嗣見有人帶路了，也毫不猶豫的放出大嘴雀，朝着新島的方向飛去，之後越來越多的訓練家開始放出自己的精靈追了上去。
“不要這樣，不然我逮捕你們了。”君莎小姐追出來喊道。
“果然阻止他們也沒有用。”波依佳看着遠去的大家說到：“因爲他們是神奇寶貝訓練家，是一羣冒險者，如果阻止的了的話，他們也不會聚集在這裡了，希望他們平安無事。”
“可惡，讓真嗣這傢伙搶先走了。”小智一行人跑到碼頭上看着真嗣遠去的身影攥緊拳頭說道：“在海那一邊有最強的訓練家，不能就這樣退縮。”
“皮卡”皮卡丘點頭的叫道。
“不過我們的小精靈是無法穿過暴風雨的大海的。”小霞說道。
“說的沒錯。”小智沮喪的說道。
就在這時，傻逼的火箭隊三人組出現了，之後就如劇情那樣載上了小智一行人，然後再海上遇到風暴將船打沉了。
另一邊——
“比雕，空氣切割。”
“暴鯉龍水炮。”
“大嘴雀，用億萬噸衝擊衝進去。”
“白海獅，潛入海底衝過去。”
真嗣和其他三名訓練家來到了新島，但此時的新島正被暴風所包圍着，於是大家就各顯其能的衝進風暴之中，最後成功的登上了新島。
“歡迎光臨。請讓我看看你們的邀請函。”被催眠的喬伊說道。
之後大家把邀請函拿給了喬伊，得到確認之後，大家就來到新島城堡裡的大廳進行了休息，大家也都把各自的精靈放了出來，不過真嗣就只放出土臺龜，風速狗和大嘴雀這三隻，然後就靜靜的坐在椅子上閉目養神，等待着小智一行人的到來·····