打贏了小明後的真嗣經過幾天的旅行，此時來到了森林中的一座神奇寶貝中心，來到這的真嗣就放出了所有的精靈，來進行特訓······
“雷丘，十萬伏特，哥達鴨，水炮，哈克龍，龍之波動，風速狗，噴射火焰，椰蛋樹，葉風暴，化石翼龍，儘量閃避。”真嗣喊道。
“化石~”
化石翼龍聽到後就不斷的避開大家的技能攻擊，但畢竟化石翼龍已經沉睡了幾千年，身體還沒恢復過來，反應還是很遲鈍，避開了第一下的攻擊，但沒避開第二次的攻擊，還是被打中了，真嗣見此也就只能留在這裡幾天，爲化石翼龍訓練反應。
幾天後——
“回來吧，化石翼龍。”真嗣喊道。
經過幾天的訓練，化石翼龍的身體已經恢復的差不多了，這次真嗣訓練完後就把化石翼龍和其他精靈都收了回來，見天色已經很晚了，就決定回到神奇寶貝中心好好休息一晚，明天再準備繼續旅行。
神奇寶貝中心——
“道館，我的椰蛋樹交給你了！”真嗣對着電話裡的雷嗣說道。
“好的，沒問題，我會好好照顧椰蛋樹的。”大哥雷嗣笑道。
······
就在真嗣準備回房間休息時，一聲熟悉的出現了·······
“妙蛙種子的身體非常不舒服，請問他是不是生病了？”
真嗣轉過身子來果然看到了小智三人。
“這個該不會是······”喬伊小姐看着妙蛙種子說道。
“連自己的精靈要進化都不知道，這就是你所謂的對精靈的愛嗎.”真嗣嘲笑道。
“真嗣？你怎麼會在這？”小剛問道。
“你這種人有什麼資格說我對精靈的愛不夠啊？”小智看見真嗣憤怒的喊道，但轉眼一想真嗣的話，驚訝道：“你是說我的妙蛙種子要進化嗎？”
“哼！”
“對啊，妙蛙種子這樣的確是出現進化的徵兆啊！”喬伊小姐恍然大悟道。
“妙蛙種子進化後可以進化成妙蛙草。”小霞抱着波克比說道。
“那麼我的妙蛙種子什麼時候會進化啊？”小智滿臉期待的問着喬伊。
“你先等一下。”喬伊小姐說道。
喬伊小姐說着就把小智一行人帶到窗戶旁邊來看外面開滿鮮花的草地，之後喬伊小姐對大家解說了有關於妙蛙種子不思議花園的傳說。
隨後大家也都各自回房休息了，但在半夜時，真嗣就被小智的慘叫聲嚇醒了，真嗣知道小智會發現妙蛙種子不見掉，然後去尋找，真嗣也穿上了衣服，跟着小智三人後面，去尋找不思議花園了。
不思議花園——
“好棒啊！”小智看着坡下一大片妙蛙種子說道。
······
之後，隨着妙蛙花的一聲吼叫，所以的妙蛙種子都跟着叫了起來，背後的草包也都開始發出淡淡的光芒，最後開始全身發出白光，進化成妙蛙草了，但因爲小智的妙蛙種子遲遲不肯進化的關係，妙蛙花十分的生氣，但小智則挺身而出，爲自己的妙蛙種子辯解。
就在此時，老是愛攪局的火箭隊出場了，破壞了妙蛙種子進化的儀式，不過好在除了小智的妙蛙種子外，其他妙蛙種子都在妙蛙花的主持下，進化成爲妙蛙草了。
隨後在火箭隊的熱氣球下，伸出了一個吸口，小次郎也按下了開關，地上的妙蛙草也漸漸的被洗了起來。
“遭啦，那些傢伙！”小智生氣的喊道。
隨着妙蛙草被越來越多的被吸起，熱氣球上的袋子也被裝的越來越滿，妙蛙花則因爲體型的原因沒有被吸走，反而還伸出十幾根藤編將十幾只妙蛙草緊緊的抓住。
“風速狗，烈焰衝擊。”
“什麼？”
衆人都被這聲音驚訝道。
站在小智一行人身後不遠處的真嗣總算出手了，不過真嗣的目標不是火箭隊，而是妙蛙花。
“花~”
風速狗的全身被火焰包裹着撞上了還在緊緊與火箭隊對抗的妙蛙花，妙蛙花被風速狗的烈焰衝擊直接命中，在火焰中發出痛苦的參加，妙蛙花也因疼痛而鬆開了自己抓住的妙蛙草，那十幾只妙蛙草也成爲了火箭隊的獵物了。
“去吧精靈球。”真嗣拋出精靈球后喊道。
精靈球砸中妙蛙花後，就將他變成一道紅光吸入精靈球內，隨着精靈球逐漸安靜了下來，風速狗就把精靈球一叼，一下就跑回真嗣旁邊，遞給了真嗣。
真嗣接過精靈球后就開始掃描門妙蛙花，覺得妙蛙花還不錯的真嗣就把精靈球放回腰間，騎上風速狗後，風速狗立刻就快速的跑走了。
“可惡，真嗣這傢伙。”小智看着真嗣遠去的背影后喊道。
雖然沒有真嗣的出手，但最後結局還是在妙蛙種子的陽光烈焰中結束了。
······
“真嗣，你這傢伙，竟然丟下那些妙蛙草不管。”小智大聲對真嗣喊道。
小智三人解決完事情後就回到了神奇寶貝中心，但一回到神奇寶貝中心就看見正準備立刻的真嗣，小智立刻就氣不打一處來，衝了上去和真嗣對峙起來。
“我沒必要管那種閒事，我要收服的精靈已經收服好了，我現在要走了。”真嗣冷冷的對小智說道。
······
之後真嗣就離開了那個神奇寶貝中心，繼續直接的旅行，而小智三人則留在那裡休息了之後也踏上了自己的旅行·····