李自成原本還因命大軍攻破榆次縣城，殺戮了大量城中紳民，破城將士又在城內大肆強『奸』和洗劫，而感到深深的不安。攻破太谷時這種不安已經減少了一些，如今卻因祁縣的造反，這種不安已一掃而光了。
李自成率大軍來到祁縣城下，見祁縣守衛森嚴，下令全軍攻城。祁縣的紳民用火器和弓箭對抗李自成，守得相當頑強，連一些『婦』女也登上城頭吶喊助戰。李自成甚至將太原城城中的十幾門大炮都用上了，炮彈隆隆地飛過城頭，有的打在城牆上，打壞了一些城垛，使城牆上到處血肉模糊；有的打到城內，打塌了房子，引起了火災。李自成的士兵們也很忿恨，拚死用雲梯爬城，不要一天時間就將小小的祁縣城攻破了，城中血流城河，得勝的大順軍轉眼便化身爲惡魔，在城中任竟燒殺搶掠，街道上和宅子中到處是死屍，對女人，這些軍卒更是不會放過，很多『婦』女被強『奸』了，一部分『婦』女爲怕受侮辱投井死了。大火在城中整整燒了一天，原本的還算繁華的祁縣只在兩天功夫便已化爲烏有。率軍出了城的李自成回望着祁縣，還恨恨地說：“對這樣無法無天的人，就應該用屠城的辦法懲治他們，不能手軟！”
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攻破祁縣以後，李自成又得到稟報，說平遙、介休兩地土民百姓打算響應祁縣的叛『亂』。李自成親將率軍到兩地將爲首之人殺光，又查抄了一些大戶，沒收其家產，暫充軍餉，並抓來了一些丁壯百姓，編入軍伍，充當炮灰。
太原城周圍各個城鎮因有榆次、太谷、祁縣的前車之鑑，暫時安定了下來，不過昨日一早率軍離開太原，奉命趕往平定州的雙喜派人送回急報，明朝的真定府知府邱茂華原來一直躲在山中，如今聽說大明新皇登基，又從山中出來，上書大明，宣誓效忠當今萬歲。大明朝已降下聖旨，封其爲真定巡撫，大明這麼安排，顯然是要堵住大順朝派人馬出固關襲擾畿輔，也爲大明官軍從固關進攻山西作準備。?? 轉世重生之吳三桂傳奇494
同時北上的孫永富也傳回密報，大軍行至紅泉寨附近，竟遭到附近百姓及大明殘軍的『騷』擾，這些『亂』軍甚至佔據了定襄，豎起明朝旗幟。臨近定襄的忻州也有人密謀響應，醞釀起事。孫永富爲不貽誤戰機，已率軍星夜趕到定襄，用大炮攻克縣城，用屠城的辦法將叛『亂』鎮壓下去。又迅速到了忻州，將準備叛『亂』的幾名首領凌遲處死，滿門抄斬，雖是暫時壓下了反叛浪『潮』，可整個晉北到處人心浮動，十分危急。
李自成對此也是無計可施，現在他更加後悔，爲何當初不聽牛丞相所言，居守關中，而是急着揮軍北上，去佔領北京登極，結果在北京呆了僅一月有餘，不但未能如願登極，反而是大敗而歸，被遼東軍趕回了山西，手下將領死傷怠盡，二十萬精兵所剩無幾，結果現在山西、陝西、河南各處烽煙四起，自己卻是無兵可派、無將可遣。不過好在這些日子小張侯傷勢已是大有起『色』，雖不能上陣殺敵，便率軍出征卻已勉強可以。
李自成急召來牛金星、小張侯，將眼前局勢向二人簡單說明，二人聽後也是心中憂心不已，在座衆人實在是未曾料到遼東竟會如此強大，現在自己內部也是不穩，而小張侯又提出新問題，道：“萬歲，如果南京人馬真的應大明新皇詔書發兵來攻河南，咱們如何應付？”
李自成聽後，長嘆口氣，卻不做聲。牛金星皺眉道：“倘若只有遼東人馬來到河南，他們雖擁立新皇，可他們的兵馬大多爲關外蠻族，河南百姓父老與其不熟，恐怕不會輕易投靠他們，可南京本就與河南相鄰，兩省百姓也多有同鄉之誼，若是他們真的南上河南，怕是不妙啊！而且河南老百姓以前雖曾擁戴萬，可是此一時也，彼一時也。咱們大軍進入河南後，沒有設官理民，沒有恢復農桑，沒有撫輯流亡，以至於頗失百姓之心。而明朝開國到今天，將近三百年，突然亡國，要說老百姓完全不思念故君，那是不合情理的。所以我擔心史可法率大軍來河南後，如果我們號召百姓同史可法作戰，百姓未必響應。可是不作戰又如何呢？我們退一步，史可法就進一步，河南就不是大順的河南了。”
小張侯接道：“據我看來，河南局面固然危險，可山西卻是更加危險。倘若大順失去山西，又失去河南，關中是沒法守的。關中偏在西邊，糧餉來源困難，如今正是餓死人的荒年，加上兵源又枯竭，豈能對抗胡人？縱然能抗拒一時，日子久了，如何能夠抗拒？”
李自成看了兩人一眼，嘆道：“你們只知其一，不知其二。我擔心的不僅是河南、山西會失去；我還擔心遼東會派一支精兵，繞道塞外，從榆林塞外南下，進入長城，到時陝西必然大『亂』，大順將顧此不能顧彼，顧南不能顧北，幾面作戰，如何是好？所以，鞏固山西，確保河南，方能扭轉這個困難局面。如果遼東只有一路從塞外向南進兵，那就容易對付。不過眼下咱們即無兵卒可派，也無糧餉發放，你們看田玉峰來的這封密奏，說陝西本來就鬧旱災，近來徵糧急迫，糧價騰貴，小麥每鬥漲到二兩四錢，大米二兩六錢，從來不曾如此，已經有人吃人的情況，徵兵徵糧都十分困難，這纔是最大的難題啊。”
李自成早派出少數部隊到河南，希望號召河南百姓參加大順軍，可是如今河南百姓再也不聽他的號召了。有些人原來是隨順大順朝的，可是經過三四年的戰爭，對李自成也不再有興趣。原來把他看成救星，後來一年年打仗，一個戰爭接着一個戰爭，老百姓『亂』久思治，希望過一天安定的日子，可是始終沒有等到這一天。如今你縱然說得天花『亂』墜，老百姓也不再相信。他們要活命，要養兒育女，不願再去打仗。