誰也沒有料到，對鐵本事件的後續處理，成了一件十分棘手的事情。
最開始的時候，外界認爲，鐵本項目這麼輕易獲得地方政府的支持，肯定又是一個官商結合的典型，但隨着調查的深入，一直沒有跡象顯示這其中存在的現象。除了鋼鐵，草根十足的戴國芳好像人情不通、政治不懂。
說鐵本項目是低水平的重複建設，也很難立論。原冶金部部長、中國鋼鐵協會會長吳溪淳非常肯定地認爲：“鐵本不是低水平重複建設，鐵本的問題不是技術問題。”曾多次考察過鐵本項目的和君創業研究諮詢公司董事長李肅告訴記者：“當年鐵本項目從鋼鐵技術角度論證是‘國內最好的鋼廠’，投入產出非常合理，就算其他鋼廠出了問題，它都能賺錢。”在建龍項目得以復活的消息見報後，《經濟觀察報》記者採訪鋼鐵規劃研究院副院長李新創，請他談談對鐵本事件的處理看法，這位參與起草全國鋼鐵產業政策的專家說：“當時怎樣決定就怎麼做，現在是要維護國家宏觀調控政策的權威。”
2006年3月下旬，在被羈押兩年之後，戴國芳案即將開庭審判，國內上百家媒體聞風而動。《商務週刊》記者鍾加勇前往常州採訪。
他先去了長江邊的鐵本工地。戴國芳被逮捕後，工地上的數千工人早已散了。爲防止物資被盜，地方政府招聘了近50名保安輪流值班，當地的魏村派出所還專門派出了10名幹警。記者繞着工地走了一圈，就足足花了2個多小時。他看到的景象是：工地上蒿草瘋長，四處是鏽跡斑斑的鋼材、各種已經褪色的施工材料以及凌亂散落的各種設備，破舊的工棚空無一人，已現雛形的鍊鋼高爐和基本建成的發電站均被廢棄。在過去的兩年多時間裡，施工現場沒有采取任何保護措施，一切都任憑風吹雨打，所有設備有的已經貶值，有的已經直接變成廢鐵。按照當地政府監管組的計算，每月損失就達到6000多萬元，簡單地乘以兩年時間，10多個億已經沒了。戴國芳投下去的數十億元，就跟它在獄中的主人一樣，已經被輕易地遺棄。
記者還專門去了位於武進區東安鎮瀆南村的戴家探訪。在村口，他碰到戴國芳的繼母剛剛從菜地澆菜回家，戴父終年無語，“已經完全不跟人說話了”。戴家是一個天井很寬的農家小院，東邊是兩間平頂房，西邊則是堆放雜物的幾間低矮瓦房。與鄰居家相比，這無論如何都看不出是億萬富翁的老家。小院旁邊，就是戴國芳“鋼鐵夢想”起步的地方——三友軋輥廠。此時也已是一派荒涼，滿目蕭條。據稱，戴國芳的家產被查封時只有8萬元錢，他的3個子女原本都在常州國際學校就讀，出事後就都轉到普通中學就讀，生活費和學費都靠一些過去的朋友接濟。
3月28日，鐵本案在常州市中級法院開庭。最高人民法院、江蘇省高級人民法院、江蘇省人民檢察院都派出代表旁聽，鐵本方面則由17位知名律師參與辯護，案卷多達290本。
然而，常州市人民檢察院的公訴書卻讓在場的所有媒體都大吃一驚。戴國芳等人被控的罪名只有一條：虛開抵扣稅款發票罪。檢察院指控稱，2001年至2003年3年間，鐵本公司採取製作虛假的廢鋼鐵屑過磅單、入庫單，東安加工廠的收購碼單等手段，通過李建華、季春梅，分別讓武進物資再生有限公司、武進陽湖金屬回收公司、常州拆船公司、常州金屬回收再生資源有限公司、常州再生資源批發中心有限公司（均另案處理），爲鐵本虛開廢鋼、鐵屑銷售發票2373份，金額超過16億元，抵扣稅款1.6億元。
在這份公訴書中，兩年前鐵齒銅牙般地認定鐵本的“五宗罪”竟無一被指控。
對鐵本虛開抵扣稅款發票罪的指控，控辯雙方也展開了激烈的辯論。檢察院出示的最有力的指控證據便是戴國芳爲了“花錢消災”而上遞的自查報告。
辯方律師認爲，國內的廢鐵回收行業有一個很特殊的背景：2001年5月1日起，國家爲鼓勵資源的再生利用、變廢爲寶，對廢舊物資回收行業實行免稅政策，回收單位可辦理稅務登記手續，領取收購憑證和普通發票。根據《國家稅務總局關於廢舊物資回收經營業務有關稅收問題的批覆》：“鑑於此種經營方式是由目前廢舊物資行業的經營特點決定的，且廢舊物資經營單位在開具增值稅專用發票時確實收取了同等金額的貨款，並確有同等數量的貨物銷售，因此，廢舊物資經營單位開具增值稅專用發票的行爲不違背有關稅收規定，不應定性爲虛開。”
這個法規性批覆對廢舊物資回收行業的規範化起到了積極的作用，不過由此開始，業內也出現了虛開收購憑證、虛做購進廢舊物資以達到免稅的現象。一位記者在報道中談到：“這也能解釋爲什麼全國各大鋼廠門口都有這樣的開票公司。”
鐵本方面無法澄清自己沒有這種行爲。不過，戴國芳從經營角度否認了公訴人提出的數額，他認爲鐵本在2001—2003年期間總銷售額只有29億元，根本不可能虛開那麼多廢鋼，否則“鐵本不用鐵礦砂也能煉出鋼來”；同時，由於物資回收行業零散的收購點無法開發票的行業特殊原因，鐵本需要集體開磅單，然後再找物資回收總公司開進項發票；按照有關規定，如果是向公司進廢鋼，可以抵扣17%或13%的增值稅，鐵本只抵扣了10%，實際上“反而是多繳稅了”。
很顯然，戴國芳陷入了一個始料未及的法律陷阱。他所面對的指控與兩年前拘押他的理由完全不同，但卻同樣可能讓他無法自清。一位資深傳媒人士在評論中認爲：“鐵本被起訴的理由，是鋼鐵行業內幾乎所有企業都在一定程度上‘遵守’的潛規則——虛假開出廢鋼發票以獲得免稅。在這一點上，假設鐵本不遵循這個潛規則，鐵本的成本就比同行高，而一旦鐵本遵守所謂的行規，‘法雖不責衆，但中國的問題是可以選擇性責罰’。事實正是這樣，鐵本雖然不是潛規則的最大獲益者，鐵本的稅負率在法庭上被證明比同行要高，但鐵本卻是最‘倒黴’的。”
北京大學教授周其仁在鐵本案初審結果公佈後，撰寫了專欄文章：
讀報的第一反應是，鐵本案怎麼就成了一樁稅收官司？兩年前震動全國的鐵本案，直接起因是“違規建設大型鋼鐵聯合項目”。當時由發改委等九部委對鐵本作了專項檢查，查明“這是一起典型的地方政府及有關部門嚴重失職違規，企業涉嫌違法犯罪的重大案件”。其中，當地政府涉及違規立項、違規批地，鐵本公司則涉嫌“通過提供虛假財務報表騙取銀行信用和貸款，挪用銀行流動資金貸款”和“大量偷稅漏稅”，而“有關金融機構嚴重違反國家固定資產貸款審貸和現金管理規定”。隨後，國家稅務總局宣佈：“認定江蘇鐵本公司等3家企業偷稅2.94億元。”以上信息，全部經新華社和中央電視臺播發消息，國人皆知。現在，戴國芳等人被羈押兩年之久以後，法庭公開審理的公訴罪名僅爲“虛開發票，抵扣稅款1.6億元”——這麼大的一個變化，說明了什麼？我認爲最可議之處，是人們——尤其是地方官員和民營企業家們——都知道這次鐵本絕不是因爲抵扣稅款才“犯事”的，但是輪到“辦”的時候，卻以涉稅案爲罪名。政府真要抓稅案嗎？普遍抓就是了。爲什麼差不多家家鋼廠都有的“開稅票”行爲，平時沒有事，別人也沒有事，偏偏到了2004年4月被發現上了一個大規模鋼鐵聯合企業的鐵本頭上，就是關乎身家性命的大事？
周其仁教授在文中耐人尋味地說：“回頭看歷史，戴國芳要慶幸我們國家正在向着法治國家的方向走纔對。”