在“科龍20年發展與中國企業改革路徑”研討會後，雖然顧雛軍對會議的進行及其產生的影響非常滿意，而且還發表了相關的感慨，但從事後的效果看，研討會、報告書及軟文廣告卻起到了負面的效應，不僅對顧雛軍，對科龍也一樣。格林柯爾是否在“國退民進”的盛宴中狂歡，已被他越描越黑。在公衆印象中，他顯然已經成了侵吞國有資產的符號化人物。就在研討會召開的同時，國家審計署悄然進駐科龍，展開調查。11月，深圳證券交易所與香港聯合交易所一起進駐科龍總部，對其財務問題進行集中核查。2005年1月，香港聯合交易所以關聯交易爲名對他進行公開譴責，使科龍股價應聲大跌。
在這段時間裡，顧雛軍一直在北京四處奔波，爲科龍，也爲自己。他知道自己的潰敗已成定局，現在唯一可做的是將科龍儘快出售，以求全身而退。他先後向長虹、海信等業內同行拋出繡球，洽談科龍的出售事宜，不過他又明確地對外表示不會把科龍賣給TCL和海爾，因爲“他本人不看好這兩家企業的發展”。從這個細節可以看出，即使身處絕境，他亦不改張揚無忌，好指點江山的本性。7月29日，他突然與所有的部下失去聯繫。第二天，正當他的部下們茫然不知所措的時候，他們被告知，“顧雛軍被佛山市公安人員帶走控制起來了”。但一切並沒有塵埃落定。
聲譽掃地的顧雛軍顯然已迴天乏力。身陷囹圄的他，眼睜睜地目睹這些年來處心積慮得來的財產被衆人瓜分。9月，他在看守所裡與青島海信的代表簽署了股權轉讓協議。這家山東的彩電企業最終以6.8億元的出價意外地成了科龍的新主人。收購合肥美菱電器是他繼科龍之後最得意的手筆。10月，上海的《每日經濟新聞》率先披露，老牌彩電企業四川長虹有可能收購格林柯爾手中的美菱電器的股權，而這項交易最終在2006年春季達成。被他收入囊中的亞星客車也和美菱電器一樣，很快逃離了科龍這艘將沉的大船。揚州市政府迅速凍結了格林柯爾所持的亞星客車的股權。一年後，東南汽車成了亞星客車新的收購者。所有被他染指過的公司中，襄陽軸承也許是受傷最輕的一家。他被拘留的新聞一傳出，襄陽政府就宣佈解除與格林柯爾達成的襄陽軸承的股權轉讓協議。該協議一直沒有得到中國證監會的正式批覆，而此時卻因禍得福。
10月26日，中國證監會對科龍的調查結果正式曝光。該報告稱：“顧雛軍等人及‘格林柯爾’繫有關公司涉嫌侵佔、挪用科龍財產累計發生額爲34.85億元。”2006年1月，畢馬威會計師事務所對科龍的現金流走向進行調查，發現不正常的現金流量累計超過75億元。8月，一拖再拖的科龍2005年的年報終於千呼萬喚始出來，卻又是一個個挑戰股東心理極限的數字——高達36.93億元的鉅額虧損，一舉刷新了當年度內地上市公司虧損紀錄；牽涉93宗訴訟官司，其數目之多也創下近年來內地上市公司涉案之最；公司的淨資產則爲-10.9億元。