可是，不爲人所知的是，李經緯與三水市政府的關係已經到了嚴重惡化的境地。
李經緯在產權上的如意算盤在很大程度上是一廂情願。在三水市政府官員們看來，他的所有舉動都無異於叛離。作爲地方最大的財政收入來源，健力寶的離心行動越來越讓他們坐立不安。據稱，健力寶大廈的建造並沒有通過三水市政府的批准，而其造價之高更是有轉移資產的嫌疑；當總部搬到廣州之後，是否意味着這棵搖錢樹最終將從自己的土地上“遷走”？這些懷疑如病毒一樣在三水市政府官員圈內繁殖和擴散，有人甚至質疑健力寶的海外戰略也是一個“圈套”。因爲，“上千萬美元的錢被投入到美國市場，可是在那裡的超市並看不到健力寶的產品”。這些懷疑最終變成了一個堅定的共識，那就是，李經緯已經不跟三水人一條心了。從此，他的所有行動都被打上了可疑的標誌。
1997年秋天，在李經緯的精心策劃下，健力寶在香港聯合交易所上市的方案行將通過，在此方案中，包括了經營層的股權分配。然而，三水市政府以李經緯團隊“沒有香港暫居證，因而不得購買H股原始股票”爲理由，拒絕批准這個方案。李經緯一怒之下，放棄上市。從此，矛盾變得公開化。
從1998年開始，三水市政府加大了對健力寶資金的掌控。集團每開發一種新產品都必須通過市政府審批，經過市政府的財政預算，然後劃撥經費。知情者解釋說，這是因爲“三水非常警惕李經緯借開發新產品之名轉移資產，因此幾乎每一個新的招商引資項目，政府都要親自審批，資金卡得緊，還主動要求替健力寶尋找合作對象”。
當懷疑像魔鬼一樣地橫亙在合作伙伴之間的時候，任何理性或善意的判斷都會被扭曲和誤解……在將近6年的時間裡，個性豪爽而耿直的李經緯始終沒有放下身段，與政府部門溝通以緩和關係，這也許是他最大的失誤。
1999年，三水市政府大換屆，一些與李經緯有交情的老官員退休或換崗，一層因歷史淵源而形成的溫情脈脈的薄紗也最終被揭開了，他的處境更趨艱險。便在這一時刻，健力寶集團提出在公司內部實行員工股份合作制的方案，由管理層自籌資金買下三水市政府所持有的股份，李經緯開出的價格是4.5億元，將在3年內分期付清。三水市政府斷然拒絕，理由據稱是“風險很大，有用健力寶資金來買健力寶之嫌”。之後，深圳一家諮詢公司又設計出一套新的方案，李經緯團隊持股75％，三水市政府再給李經緯個人5％的股權獎勵。這個方案也遭到三水市政府的否決，理由依然是“擔心經營層的錢來歷不明”。
在這一時期，出售健力寶已成爲許多人的共識。一方面，三水自1998年開始的國有企業改制已經完成80％，健力寶成爲最後一個待改制的大型國有企業，而地方財政的狀況也不是很好。據新上任的市長後來承認，在那些年的某些月份裡，“公務員工資都欠發，日子非常難過”。另一方面，健力寶的經營業績也在大踏步地下滑。自1997年創造了54億元的驕人紀錄後，銷售額逐年大幅降低，到2001年跌到31億元，相當於1994年時的水平，上交政府的利稅也從1億元降到2000萬元左右。因此，儘快將健力寶出手，已經成了一個明擺着的現實，其需要研究的問題僅僅是，把這個正在由“香餑餑”變成“燙手山芋”的企業賣給誰。
一次關鍵性的會議在2001年7月召開。三水市政府爲健力寶召開了轉制工作聯席會議，市委、市政府領導悉數到齊，每個與會的政府官員都被要求依次當場表態。結果，90%的人主張賣掉健力寶，但是不能賣給李經緯團隊。
健力寶和李經緯的命運在這一刻被強悍地決定了下來。