木葉，高聳入雲的火影樓屋頂，漆黑一片。三代目單槍匹馬的對戰初.二代火影和大蛇丸，在一番苦鬥之後，三代目眼見被大蛇丸穢土轉生的初.二代怎麼打都打不死，而自己的CKL已經所剩不多，於是他決定用禁術將二人封印。
三代目猿飛招出兩個分身，在通靈獸猿魔的幫助下，雙雙截住了撲過來的初.二代，而本體則抓住了大蛇丸。猿飛見狀急忙發動屍鬼封盡，死神的陰冷的爪子“嗖”的穿過猿飛的靈魂，分別將初.二代的靈魂拘禁，在三代目猿飛身上留下了詭異的封印術式。
就在猿飛想要一鼓作氣封印大蛇丸的時候，大蛇丸不甘心就此被猿飛抽走靈魂，勾手召喚一邊的草雉劍刺向猿飛，氣盡力竭的猿魔見狀慌忙撲過去抓住劍身，但草雉劍隨心所欲變化，仍然穿透三代目的胸膛，
三代目猿飛忍着被草雉劍創傷的疼痛仍然在拼命催動死神抽取大蛇丸的靈魂，但無奈生命瀕臨終結，猿飛只好退而求其次斬斷了大蛇丸的一雙胳膊，封印在了體內。
死神無情的將最後一縷三代目猿飛的靈魂吃盡，便煥然消失。而大蛇丸疼的滿臉是汗，他盯着三代目的屍體咒罵道：“老不死的！臨死了還封印了我的雙手！可惡！！”
但現在不是糾結這些的時候，外圍的音忍手下已經被木葉忍者.暗部以及砂之國的忍者聯合消滅殆盡，於是便召回四人衆，在藥師兜的帶領下一齊逃離了木葉...
四炎紫陣被打開，木葉的一干嫡系忍者急忙衝過去但只見到滿地狼藉，磚瓦破碎，天花板到處溝橫交錯，而他們的三代目火影袁飛日斬壯烈犧牲...
……
幾日後，木葉全體忍者身着黑衣，胸口插着白菊花參加三代目的葬禮，在悠長的喪鐘敲響的時候，天空下起了濛濛的細雨，但在場的人無一人離開，默默的用行動致以三代目最高的敬意。
待三代目火影葬禮結束後，開始向砂之國施壓，畢竟事情是因爲砂之國的背叛才引起的，自知理虧的砂之國就派人到木葉就戰後賠償等問題與木葉高層談判。
經過雙方激烈的辯論，砂之國終於同意簽署新的同盟協議，並一次xing賠償木葉兩億兩整，其他的木葉高層鑑於砂之國也是受到木葉叛忍大蛇丸的蠱惑，所以便免了砂之國其他賠償，至於馬基在會上提到的單獨賠償葉清500萬兩，木葉高層出於“仁愛”大手一揮就免去了，馬基感恩戴德帶着使團回國。
又是半個月後，木葉得到了砂之國的賠償金，在這批資金的涌入下，木葉的各種建設日漸恢復，經濟也有所緩和，一切又似乎回到了戰前的狀態...
在處理完外務之後，木葉高層的水戶門炎和轉寢小春開始商議第五代火影的事宜，聽到二人準備推舉自來也擔任第五代火影，團藏氣的臉色發青但畢竟自己的老友兼對手猿飛剛剛去世，不好與長老會翻臉，便悻悻的甩袖離開會議...
於是水戶門炎和轉寢小春派暗部找來自來也，並以長老團的身份逼迫自來也就範，但自來也深知當上火影的職位之後極爲不自由，而且身邊還有兩個“太上皇”監視，便一口回絕。
奈何兩位長老以下達叛逃令要挾自來也，無奈之下自來也與兩位長老約定出去尋找三忍之一的綱手回來擔任，同時應長老會的要求，在村中第五代火影就任之前，自來也必須負責九尾人柱力的安全，於是自來也帶着鳴人離開了木葉。
……
待自來也帶着鳴人走後半個月，木葉的經濟政治外交建設等終於恢復往昔的繁榮，街上的攤販又多了起來，吆喝聲嬉鬧聲聲聲入耳，木葉一片歌舞昇平的模樣。
木葉美食街，卡卡西一臉心事的從街口走進來，經過在一家鐵板燒店的時候意外的遇到正在門口抽菸的阿斯瑪和夕日紅，卡卡西見到二人神色異常，以爲是被自己撞見才使然，所以出聲戲謔道：“喲，二位這是在約會嗎？多美好的時光啊！”
“卡卡西..”夕日紅臉色緋紅有點侷促不安，而阿斯瑪則吐掉菸頭落地後踩了兩腳才小聲的示意卡卡西看店內，卡卡西見狀悄悄的掀開簾子的一角，赫然發現兩個身穿紅雲服飾的忍者正坐在裡面喝茶。
“這是..可疑分子？”卡卡西低聲的問道。阿斯瑪又點了一根菸，才小聲回到：“這是在門口值班的神月出雲率先發現的，通過我們技術科的辨認，這兩個傢伙都是有通緝在身的逃犯，一個是鬼鮫，另一個卡卡西你也認識，是宇智波鼬。”
“納尼！宇智波鼬，他這個時候回來幹什麼？目標是佐助嗎？”卡卡西大吃一驚，在和阿斯瑪夕日紅交流下眼神後，卡卡西掀開簾子走了進去，但赫然發現那兩個人早就不見蹤影。
“阿斯瑪，紅，那兩個人從後門逃走了！你們趕緊去追，我去請求支援，記住，那兩個傢伙都是極度危險的SSS級叛忍，你們遇到了要千萬小心。”說完卡卡西立刻衝出大街。阿斯瑪與紅相互對視了一眼，便朝着村外的方向搜索起來。
很快兩人在大河邊追上了身穿紅雲外套的鼬和扛着把大刀的鬼鮫。“喲，鼬，我們被老鼠追上了呢！”面目可憎的鬼鮫對着身邊的鼬說道。“唔..夕日紅，阿斯瑪，好久不見了！”鼬平淡的問候道。
“宇智波鼬！爲什麼你叛逃村子後又出現在這裡？到底有什麼目的？”夕日紅大聲問道。鬼鮫的醜臉抽了兩下，心說這個木葉女人是個白癡嗎？我們是敵對身份好不好！
鼬淡淡的微笑着，說道：“我們曉之所以會出現在這裡，是爲了第四代的遺產而來，可惜他此時並在村子裡。”“果然是圖謀不軌！那麼我絕對不會放你離開！幻術-蘿藤殺！”夕日紅雙手一掐，指向鼬。
只見鼬瞬間被密密麻麻的藤蘿死死的纏繞，接着紅出現在鼬的上空伸出半個身子，手裡舉着一把苦無刺向鼬。但很快她發現自己動不了了，而自己被藤蘿死死的捆住。
“幻術反彈？什麼時候！”紅大吃一驚，接着身子一軟癱倒在地，她的幻術對於萬花筒寫輪眼的鼬來說還太嫩了，吃了自己的幻術後失去了戰鬥力。
而在紅髮動幻術的時候，阿斯瑪也抄着兩把飛刀和鬼鮫打了起來，但鬼鮫的大刀蛟肌具有吸收CKL的能力，所以阿斯瑪越大越沒力氣，接着趁着鬼鮫大意劃傷鬼鮫的臉之後，退回到紅的身邊。
“喲，卡卡西，既然來了爲什麼還躲在一旁？”鼬平淡的看向樹林，卡卡西神情嚴肅的從林子裡走出來。“鼬。我沒想到你在滅了自己家族之後還敢回到這裡！”說着卡卡西拉下自己的面罩，露出一隻寫輪眼。
“紅，阿斯瑪閉上眼睛！鼬的寫輪眼你們只要看到就會被他拉入月讀之中，所以沒有我的允許絕對不要睜開眼睛！”說到這裡卡卡西跳下湖面衝了過來。
“卡卡西隊長，何必一見面就廝殺呢。”鼬緩緩的說着，眼中的萬花筒也旋轉了起來，幾乎是在一瞬間卡卡西慘叫一聲，栽倒在湖面上，顯然是精神受到了重創。
“卡卡西你怎麼了？！”阿斯瑪紅聽到卡卡西的慘叫，出聲問道，但顯然沒有人會迴應他們，卡卡西的身子已經沒入湖面慢慢的下沉。就在卡卡西的身子完全沉沒的時候，一隻大手迅速的將卡卡西拎起，接着放到阿斯瑪的腳下，正是聞訊趕來的阿凱。
“阿斯瑪紅你們快將卡卡西送到醫院，這裡就交給我了！”阿凱緩緩的解下腰間的腰帶矇住了雙眼，這是他發明的剋制寫輪眼的招數，本來是爲了用在卡卡西身上的，但現在只有對面的鼬了。
但鼬顯然沒有在此停留的意思，隨手放了幾個忍術纏住阿凱，便帶着鬼鮫離開了，畢竟他現身震懾木葉某個人的目的也已經達到，沒必要爲了一個瘋子耽擱在這裡，而且他們還要去自來也那裡奪取九尾...